El proceso judicial contra las tres primeras juntas militares, ordenado por el decreto 158/83, debía ser llevado adelante por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas (CONSUFA) de acuerdo al Código de Justicia Militar. En febrero de 1984, el Congreso de la Nación modificó este Código (ley 23.049) para incluir pautas específicas en el procedimiento de juzgamiento de los delitos cometidos por personal militar de las Fuerzas Armadas, y de las Fuerzas de seguridad, policial y penitenciario bajo su control operacional, que hubiera actuado entre el 24 de marzo de 1976 y el 26 de setiembre de 1983: se impuso un plazo a la justicia militar que de no cumplirse habilitaría la intervención de la justicia civil –lo que efectivamente sucedió–, se estableció que serían los tribunales civiles los que revisarían las sentencias, se permitió la participación de las víctimas en los procesos y se determinó que la obediencia debida no podía ser invocada frente a “actos atroces y aberrantes”.