En estos juicios, en su mayoría orales y públicos, se juzgó a integrantes de las Fuerzas Armadas y policiales. Los primeros procesos, en 1985, abarcaron a las cúpulas de esas estructuras. Entre la sanción de las leyes de Punto Final y Obediencia Debida, en 1986 y 1987, y la declaración de su nulidad transcurrieron casi dos décadas: en ese periodo únicamente fueron juzgados los delitos de apropiación de niños y niñas y robo de bienes. Desde 2005, cuando dejó de haber barreras para la investigación penal y el juzgamiento, todos los niveles de responsabilidad de la estructura represiva pudieron ser investigados y juzgados. En 22 de las 24 jurisdicciones que conforman el país, se realizaron juicios que incluyen tanto la represión implementada por fuerzas estatales durante la dictadura como sus antecedentes durante los años previos al golpe militar.
El juzgamiento también abarca a las y los civiles que cometieron crímenes en el marco del plan sistemático de represión. Fueron juzgados y condenados integrantes del poder judicial, hombres y mujeres que apropiaron niños que eran hijos de los secuestrados, personal de inteligencia, integrantes de la Iglesia católica, médicos. Los procesos judiciales contra empresarios que participaron de la represión y se beneficiaron de ella fueron dificultosos: la primera condena contra el propietario de una empresa por su participación en el secuestro de un trabajador tuvo lugar en 2016 y quedó firme en 2023.
El proceso de justicia fue llevado adelante por tribunales federales, es decir por la justicia civil ordinaria utilizando las figuras penales que existían en el momento en el que se cometieron los crímenes: secuestro, tormentos, homicidio, apropiación de menores, violación, privación ilegítima de la libertad y robo. Desde el Juicio a las Juntas en adelante, el poder judicial consideró que este conjunto de delitos fueron parte de un plan sistemático. Como consecuencia de la centralidad que la desaparición forzada tuvo en el esquema represivo en nuestro país, organizaciones de derechos humanos argentinas junto a otras de la región, impulsaron su reconocimiento internacional como delito.
Desde 1985 hasta nuestros días, fueron condenadas más de 1200 personas por delitos de lesa humanidad; entre ellas, 200 son civiles (fuente). Gran parte de las condenas fueron y son cumplidas en los servicios penitenciarios de distintos lugares del país, con la excepción de un conjunto de detenidos que están alojados en la unidad militar de Campo de Mayo. En la actualidad, la edad avanzada de muchos de los condenados y procesados hace que cumplan su condena o aguarden ser juzgados bajo el régimen de la prisión domiciliaria (fuente).
La búsqueda, identificación y restitución de las personas desaparecidas en el caso de Argentina ha sido responsabilidad del poder judicial federal, tanto en la investigación que desde 1985 realiza la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal de la Capital Federal como en el marco de las investigaciones que se llevan adelante en cada provincia. Para la búsqueda de las y los niños apropiados fueron creadas instituciones específicas como la Comisión Nacional por el Derecho a la Identidad y el Banco Nacional de Datos Genéticos. Tanto en el caso de los detenidos desaparecidos como de quienes fueron apropiados la búsqueda se desarrolla con la participación activa de organizaciones de la sociedad civil.