La clandestinidad de la represión y la negativa de los perpetradores a aportar información fueron obstáculos para la investigación judicial de los crímenes. En ese marco, los testimonios de sobrevivientes, la gradual apertura y desclasificación de archivos estatales propios y de otros países, las ciencias forenses y otros recursos de reconstrucción fueron claves para probar los hechos.