La recuperación de numerosos restos de la fosa común de Pisagua y del Patio 29 del Cementerio General de Santiago por impulso de la sociedad civil durante el primer gobierno democrático mostraron la urgencia de contar con capacidades científicas adecuadas a la difícil tarea de la restitución de identidad. Ese desafío fue asumido primero por el Grupo de Antropología Forense (GAF), una agrupación no estatal formada por iniciativa de la Comisión de Derechos Humanos del Colegio de Antropólogos de Chile y la Agrupación de Familiares de Detenidos Desaparecidos (AFDD) y luego por el Serivicio Médico Legal (SML), que constituyó en 1994 su Unidad de Identificación de Detenidos Desaparecidos. Los graves errores en la identificación de numerosos restos recuperados del Patio 29 que fueron confirmados en 2006 a través peritajes genéticos, dieron lugar a una revisión completa de la institucionalidad y de las prácticas de identificación forense.

Cuando los procesos judiciales por violaciones de derechos humanos se reactivaron y comenzaron a mostrar avances, fue haciéndose necesaria la especialización para esta clase de casos de las funciones investigativas y periciales de la Policía de Investigaciones (PDI). Con ese fin se conformó primero la Comisión de Análisis y Coordinación Institucional que asumió esas investigaciones, fusionándose luego, por el aumento del número de causas, con el Departamento 5º de Asuntos Internos, cuya creciente experticia derivó en la creción en 2007 de la Brigada Investigadora de Delitos Contra los Derechos Humanos (BRIDEHU).

Los peritajes arqueológicos, balísticos y planimétricos han sido pruebas relevantes para reconocer los lugares en que se ejecutaron matanzas, así como los sitios de inhumación que fueron posteriormente intervenidos cuando la dictadura ejecutó una remoción sistemática de restos conocida como Operación Retiro de Televisores, que fue acreditada judicialmente. Al hacer desaparecer nuevamente los restos, quedaron sin embargo en los lugares iniciales de inhumación fragmentos óseos que son hoy objeto de pericias genéticas para intentar su identificación. Para estos efectos tiene gran importancia el Centro de Muestras de Familiares de Detenidos Desaparecidos y Ejecutados Políticos del Servicio Médico Legal, banco de perfiles genéticos creado por el SML en 2009 bajo el impulso del Dr. Patricio Bustos. Actualmente el Plan Nacional de Búsqueda ha dado lugar a una nueva reestructuración del SML, a través de la creación de la Unidad de Víctimas de la Dictadura y promueve la ampliación el universo de casos con muestras genéticas recogidas.

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