Las comisiones de verdad se apoyaron en esos archivos y produjeron nueva documentación sistematizada en las carpetas de calificación de las víctimas. El acceso a ese acervo documental está, sin embargo, sujeto a restricciones: en el caso de la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación o Comisión Rettig (1990-1991) la Ley 19.123 dispuso su “absoluta confidencialidad” pero previó expresamente “que los tribunales de justicia puedan acceder a dicha información, en los procesos sometidos a su conocimiento”; para el archivo de la Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura o Comisión Valech (2003-2004) la Ley 19.992 dispuso en cambio su secreto absoluto por 50 años, prohibiendo su acceso a toda “persona, grupo de personas, autoridad o magistratura”. Esta norma, que no se replicó en el caso de la documentación de la segunda iteración de la Comisión, conocida como Valech II (2010), ha generado críticas y controversias jurídicas sobre su alcance. Actualmente los tribunales solo pueden acceder a esa documentación través de la solicitud de sus carpetas que realizan las propias víctimas sobrevivientes.

En Chile ni los tribunales ni la sociedad civil han logrado tener acceso a los archivos estatales de la represión. Su ocultamiento fue favorecido por la aprobación por la Junta de Gobierno en 1989 de la Ley 18.771, que eximió a la documentación del Ministerio de Defensa Nacional y de las Fuerzas Armadas, de Orden y Seguridad Pública de la obligación de ingreso al Archivo Nacional y facultó su eliminación conforme a las reglas que ellas mismas adoptaran. Solo se ha descubierto alguna documentación fragmentaria de los diversos organismos que cumplían funciones de inteligencia, como ocurrió con el archivo de télex de la Central Nacional de Informaciones (CNI), hallado casualmente en 2005 oculto en un entretecho, cuando se realizaban trabajos de recuperación de la casona de República 475 que había sido utilizada como cuartel y puesto a disposición de tribunales. Otro hallazgo relevante fue el de las más de 45.000 fichas incautadas por la justicia en Colonia Dignidad, que incluyen transcripciones de interrogatorios y referencias a información entregada por agentes de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA).

Es posible que parte de esa documentación haya sido destruida. Así ocurrió con archivos microfilmados de la CNI correspondientes al periodo 1980-1982, que se mantenían bajo custodia de la Dirección de Inteligencia del Ejército (DINE) y que fueron intencionalmente incinerados entre 2000 y 2001 -mientras se desarrollaba la Mesa de Diálogo, con participación de las Fuerzas Armadas. Así se acreditó en un proceso juidicial que concluyó con la condena de dos militares en retiro por el delito de infidelidad en la custodia de documentos con grave daño a la causa pública.

Sin perjuicio de estos obstáculos, en algunos casos hay documentos oficiales que han sido requeridos a las Fuerzas Armadas o que se han obtenido de los procesos tramitados antes por la justicia militar, y que han sido relevantes como pruebas: nóminas del personal destinado a ciertos lugares o funciones, por ejemplo, u hojas de vida y minutas de servicio de funcionarios, o libros de ingreso, de egreso y de guardia de establecimientos penitenciarios.

Por último, la desclasificación de los archivos de inteligencia de Estados Unidos y los archivos de la represión de otros países latinoaméricanos han aportado antecedentes valiosos, especialmente sobre la colaboración entre los aparatos de seguridod de diversos países, para los procesos sobre Plan Cóndor.

 testimonios orales