El punto 30 de la sentencia del Juicio a las Juntas ordenó investigar a los oficiales superiores que habían ocupado los comandos de zona y subzona, y a los responsables operativos. La investigación judicial del terrorismo de Estado en la provincia de Córdoba se inició por una denuncia presentada por el Serpaj en febrero de 1984, a la que luego se le fueron sumando otras demandas. El Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas excedió los plazos fijados por la ley 23.049 sin mayores avances; entonces, la Cámara de Apelaciones de Córdoba asumió la investigación, reunió todas las querellas y formó la causa 31-M-87, a la que luego se conoció como la “causa madre” o “causa Menéndez”. Tramos significativos de esta investigación fueron interrumpidos por la ley de Obediencia Debida, que se sancionó pocos meses después y fueron retomados a partir de 2005. En el caso de Menéndez, que no estaba alcanzado por la obediencia debida porque era precisamente el responsable de las órdenes, el proceso fue interrumpido porque el presidente Carlos Menem lo indultó en 1989, antes de que fuera juzgado.