La reconstrucción pública de verdad sobre la violación sistemática de derechos humanos ocurrida durante la dictadura se extendió a los casos de víctimas sobrevivientes a partir de la constitución, el 26 de septiembre de 2003, de la Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura, presidida por el obispo Sergio Valech y conocida como Comisión Valech. Su informe final fue dado a conocer por el Presidente Ricardo Lagos el 28 de noviembre de 2004 y calificó oficialmente a más de veintisiete mil víctimas de prisión política y tortura, evidenciando el carácter masivo e institucionalizado de esas prácticas de terror estatal (este número se amplió con una nueva Comisión, conocida como Valech II, constituida en 2010, que registró casi diez mil víctimas adicionales). El Informe reiteró, además, la crítica a la conducta judicial que había formulado el informe de la primera comisión de verdad. Paradójicamente, sin embargo, una ley dictada con posterioridad a su publicación estableció el secreto absoluto por 50 años de los antecedentes entregados y presentados por los sobrevivientes a la Comisión, prohibiendo su acceso a toda “persona, grupo de personas, autoridad o magistratura”, lo que comprende por tanto también a los tribunales de justicia. 

El Pleno de la Corte Suprema reaccionó al Informe a través de una declaración que hizo pública el 9 de diciembre del mismo año. En esta ocasión, la respuesta tuvo un tono diferente, expresando en primer lugar su consternación y solidaridad hacia las víctimas, algo que no se encontraba en la declaración que hizo frente al informe de la Comisión Rettig. Pero la resistencia a la crítica se mantuvo, aunque atenuada, argumentando que los tribunales se vieron impedidos de cumplir cabalmente sus funciones de tutela, porque su esfera de acción estaba limitada por la aplicación de los estados de excepción constitucional y porque no contaron con la cooperación efectiva de las autoridades, que en general ocultaron información. La declaración reconoce que “en una perspectiva histórica distinta, es dable sostener que los tribunales pudieron tratar de llevar a cabo una acción más eficaz en la protección de los derechos individuales”, pero sugiere a la vez que posiblemente ella “no hubiera tenido resultados significativos”.