Lo sucedido en el centro clandestino de detención que funcionó en la Escuela de Mecánica de la Armada fue materia de tres juicios. El primero, en 2007, tuvo como único imputado al prefecto Héctor Febrés, quien falleció antes de la sentencia. El segundo continuó el proceso judicial que habían interrumpido las leyes de Punto Final y Obediencia Debida: 16 personas fueron condenadas por hechos que afectaron a 86 víctimas. En 2012 comenzó el tercer juicio oral de la “Megacausa”, también llamada “ESMA Unificada”, que es considerada la causa más grande de la historia judicial argentina: el proceso comenzó con 68 imputados por delitos cometidos contra 789 personas. Culminó con 29 condenados a prisión perpetua, 19 condenas a penas entre ocho y 25 años y seis absoluciones (once imputados fallecieron durante el proceso y otros tres fueron apartados por motivos de salud).

Fue el primer proceso judicial que dio por acreditada la práctica de los vuelos de la muerte. Dos de los pilotos de las aeronaves, los integrantes de la Prefectura Naval Argentina Mario Daniel Arru y Alejandro Domingo D’Agostino, fueron condenados a prisión perpetua.