Los delitos sexuales fueron denunciados tempranamente por las víctimas. Sin embargo, tuvieron que pasar muchos años para que fueran reconocidos como una violación específica a los derechos humanos y juzgados como tales. La primera sentencia por delitos sexuales tuvo lugar en 2010, en una causa de la provincia de Santa Fe. Fue condenado Horacio Barcos, personal civil de inteligencia del Ejército. El tribunal consideró que “la violencia sexual soportada por las víctimas de estos aberrantes crímenes, también constituye una forma más de tormentos”.

En los años siguientes los delitos sexuales empezaron a ser considerados un crimen de lesa humanidad específico, autónomo del delito de tormentos. La primera condena que adelantó ese criterio la dictó el Tribunal Oral Criminal de Mar del Plata en 2010 en un fallo donde fue condenado por cinco violaciones y una en grado de tentativa, el suboficial de la Fuerza Aérea, Gregorio Molina, ex jefe del centro clandestino de detención "La Cueva". Según datos de la Procuraduría de Crímenes contra la Humanidad, entre 2006 y 2023 el 16% de las sentencias por los crímenes del terrorismo de Estado incluyeron este tipo de delitos.