Si bien antes del golpe existieron hechos de insubordinación militar, como la sublevación del 29 de junio de 1973, el 11 de septiembre marcó la ruptura del orden democrático en Chile y el inicio de una política de violaciones sistemáticas a los derechos humanos. La Junta Militar declaró el estado de sitio, disolvió el Congreso y los partidos políticos, impuso censura a la prensa y suspendió derechos civiles. Comenzó así una represión que incluyó detenciones, ejecuciones, desapariciones forzadas, tortura, prisión política y exilio. Esta política no se dirigió solo a militantes políticos, sino también a personas consideradas “sospechosas” o “enemigas” por razones ideológicas, sociales, territoriales, de género, edad o pertenencia étnica. Entre las víctimas hubo campesinos, obreros, estudiantes, profesionales, mujeres embarazadas o detenidas con hijos, sujetos pertenecientes a pueblos originarios, personas sin militancia y jóvenes menores de edad. Muchas fueron arrestadas en sus hogares, trabajos o centros de estudio. Estadios, regimientos, escuelas y otros espacios fueron usados como centros de detención en todo el país. 

Según el Informe de Verdad y Reconciliación (1991), entre septiembre y diciembre de 1973 se concentra el 57% de las víctimas de la dictadura: 1.832 personas fueron ejecutadas o hechas desaparecer. En este período se inscriben crímenes como los cometidos por la “Caravana de la Muerte”, que ejecutó prisioneros en distintas ciudades del país.