Desde 1974, con la creación de la Dirección de Inteligencia Nacional (DINA), la represión se institucionalizó mediante un sistema clandestino y selectivo, operando en coordinación con aparatos represivos del Cono Sur a través de la Operación Cóndor. Según el Informe de Prisión Política y Tortura (2004), más de 1.100 recintos oficiales o clandestinos fueron usados para la represión. En 1977, por presión internacional, la DINA fue reemplazada por la Central Nacional de Informaciones (CNI), la cual mantuvo las prácticas criminales hasta el fin de la dictadura. 

Las cifras oficiales reconocen a 1.469 detenidos desaparecidos (según cifras del Plan Nacional de Búsqueda, Verdad y Justicia), 2.123 ejecutados políticos y 38.254 víctimas de prisión política y tortura (según datos de la Comisión Asesora para la Calificación de Detenidos Desaparecidos y Ejecutados Políticos y Víctimas de Prisión Política y Tortura).