Dos días después del golpe de Estado, el Pleno de la Corte Suprema ratificó la declaración que el mismo 11 de septiembre había realizado su Presidente, Enrique Urrutia Manzano, expresando su “más íntima complacencia” ante “el propósito del nuevo gobierno de respetar y hacer cumplir las decisiones del Poder Judicial”. El acuerdo del Pleno dispuso además “que los Tribunales de Justicia de la Nación continúen cumpliendo sus labores ante la certeza de que la autoridad administrativa respectiva le prestará la garantía necesaria en el normal desempeño de sus funciones”. Se sucedieron luego otras manifestaciones de respaldo que sellaron una acrítica relación de colaboración. Especialmente simbólico fue el acto del 27 de junio de 1974 en el que el general Pinochet fue investido como Jefe Supremo de la Nación por el Presidente de la Corte Suprema, poniéndole la banda tricolor, símbolo histórico de la Presidencia de la República.

A diferencia del Congreso, disuelto por el gobierno de facto, el Poder Judicial siguió funcionando sin ser en apariencia intervenido. Esta continuidad institucional no garantizó, sin embargo, la defensa de los derechos fundamentales. Al contrario, como declaró en 1991 el informe de la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación, su actitud durante la dictadura produjo “un agravamiento del proceso de violaciones sistemáticas a los derechos humanos, tanto en lo inmediato, al no brindar la protección de las personas detenidas en los casos denunciados, como porque otorgó a los agentes represivos una creciente certeza de impunidad por sus acciones delictuales”.