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Los archivos de las organizaciones de derechos humanos fueron centrales en los procesos penales apenas terminada la dictadura, ya que eran los únicos que habían recolectado y organizado la información sobre las desapariciones forzadas y los centros clandestinos. Las y los sobrevivientes fueron claves en aportar información a esos archivos.

Desde fines de 1983, las Fuerzas Armadas negaron tener documentación sobre las víctimas de la represión, invocando una orden de incineración de noviembre de ese año. El material documental que sí aportaron para las primeras investigaciones judiciales se centraba en información sobre las cadenas de mando para demostrar la presunta legalidad de la represión. Las policías y los servicios de inteligencia también negaron, y en algunos casos persisten en esa posición todavía hoy, tener archivos útiles para reconstruir el destino de las personas desaparecidas y la actuación de cada uno de sus integrantes durante la dictadura.

En 1998, el gobierno de la provincia de Buenos Aires, en el marco de una reforma de la policía bonaerense, decidió disolver la Dirección de Inteligencia (DIPBA). En 2001 su fondo documental fue cedido, a través de una ley, a la Comisión Provincial de la Memoria, que lo gestiona desde entonces. En los años siguientes, ese archivo aportó documentación relevante para los juicios de la verdad y, posteriormente, para los juicios que se realizaron a partir de 2005.

La reapertura del proceso de justicia incrementó los pedidos que desde el ministerio público fiscal y el poder judicial se enviaban a las distintas fuerzas armadas y de seguridad solicitando información necesaria para los procesos penales. En general, se resguardaban en el carácter secreto de la información para no aportar nada, o aportar muy poco. En 2010, la presidenta Cristina Fernández de Kirchner desclasificó, a través de un decreto, toda la información producida durante el período dictatorial o relacionada con él. Durante el mismo gobierno, se diseñó una política civil de investigación en los archivos de los ministerios de defensa y de seguridad que condujo a encontrar una gran cantidad de información registrada en documentos de distinto tipo que permitió investigar a integrantes del esquema represivo y probar hechos particulares. 

Entre 2016 y 2019, se hizo efectiva la desclasificación de los archivos de inteligencia de Estados Unidos entre 1975 y 1984. Estos archivos contienen información que necesita ser evaluada en su contexto de producción y que ha sido muy valiosa, por ejemplo en el proceso judicial sobre el Plan Cóndor.

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