El testimonio de sobrevivientes y familiares ha sido una prueba fundamental. En algunos casos ex agentes del Estado han aportado también información.
Los archivos de las organizaciones de derechos humanos y de las comisiones de verdad han sido fuentes claves de información. El acceso a la documentación producida por el Estado durante la dictadura ha sido en cambio muy limitado.
En los expedientes judiciales se encuentran planos, croquis y otros recursos gráficos que sistematizan informaciones obtenidas a partir de testimonios y de inspecciones oculares de los magistrados.
Las pericias forenses han sido claves para restituir la identidad a los restos recuperados de personas desaparecidas forzosamente y para interpretar las evidencias materiales de los crímenes.