La litigación referida a las violaciones sistemáticas de derechos humanos durante la dictadura persiguió también hacer efectiva la responsabilidad civil de los perpetradores y del Estado de Chile y la indemnización de los daños materiales y morales derivados de los hechos para las víctimas directas y sus familiares. Un obstáculo que por muchos años frustró esa dimensión de la búsqueda de justicia fue la invocación de la prescripción de la acción civil, incluso después de que la jurisprudencia reconociera el carácter imprescriptible de la responsabilidad penal por delitos de lesa humanidad.   

En el caso “Órdenes Guerra y otros vs. Chile”, la Corte Interamericana de Derechos Humanos condenó al Estado chileno por haber rechazado por prescripción las demandas civiles interpuestas entre 1997 y 2001 por siete grupos de personas, familiares de víctimas reconocidas por el Informe de la Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación. La sentencia estableció que la aplicación de la prescripción a las acciones civiles por hechos constitutivos de crímenes de lesa humanidad constituyó un obstáculo en el acceso a la justicia para hacer efectivo el derecho de las víctimas a ser reparadas y dispuso el pago por el Estado de Chile de una compensación monetaria. En la tramitación de la causa el Estado reconoció su responsabilidad y acreditó que a partir de 2014 la Corte Suprema había variado sustancialmente su jurisprudencia sobre la materia, declarando en numerosos casos la imprescriptibilidad de la acción civil indemnizatoria por referencia a argumentos de Derecho Internacional de los Derechos Humanos. Ese cambio se consolidó tras la sentencia de la Corte Interamericana.