El 12 de enero de 1998, a semanas de que el entonces Comandante en Jefe del Ejército Augusto Pinochet cesara en su cargo y asumiera como senador vitalicio con derecho a fuero parlamentario, Gladys Marín, presidenta del Partido Comunista, presentó la primera querella en su contra por el secuestro y desaparición de su esposo Jorge Muñoz y otros cuatro dirigentes comunistas, ocurrido en la Calle Conferencia en mayo de 1976. Días después, Rosa Silva presentó una segunda querella por el homicidio de su padre, Mario Silva, ejecutado en octubre 1973 durante el recorrido de la comisión militar conocida como Caravana de la Muerte por el norte del país.  

Las dos querellas fueron acogidas a tramitación y fueron asignadas al ministro Juan Guzmán Tapia, convirtiéndose en las primeras querellas contra Pinochet admitidas a tramitación por la justicia chilena. Aunque había poca esperanza en que prosperaran, las investigaciones avanzaron, motivando la presentación de nuevas querellas, las que se incrementaron especialmente después de la detención del exdictador en Londres. Todas esas querellas se iban acumulando a la causa original, la causa Rol Nº 2182-1998, que luego, debido a su magnitud, debió ser dividida en expedientes separados que se identifican como “episodios” o por el nombre de las víctimas que comprenden y que suman más de doscientos. Muchos de esos procesos se encuentran concluidos actualmente por sentencia firme y otros siguen tramitándose respecto de imputados distintos a Pinochet, quien falleció en 2006.