En una decisión inédita, el ministro de la Corte de Apelaciones de Santiago, Carlos Cerda, sometió a proceso a cuarenta personas, incluyendo a treinta y ocho funcionarios activos y en retiro de las Fuerzas Armadas, por su participación en el “caso de los 13”, nombre con el que se conoce la operación de secuestro y desaparición forzada de la dirección clandestina del Partido Comunista y de dos militantes del MIR que tuvo lugar entre noviembre y diciembre de 1976. Entre los procesados se encontraba el excomandante en jefe de la Fuerza Aérea y exmiembro de la Junta Militar, Gustavo Leigh Guzmán y en su resolución el magistrado dio cuenta de la existencia antecedentes suficientes para acreditar la existencia una asociación ilícita denominada “Comando Conjunto”. 

Los militares procesados lograron a través de recursos de queja que el caso llegara a la Corte Suprema y el 6 de octubre su Segunda Sala dejó sin efecto los procesamientos y ordenó sobreseer definitivamente el caso por aplicación de la Ley de Amnistía. Sin embargo, el ministro Cerda se negó a decretar el sobreseimiento, argumentando que de acuerdo con el artículo 226 del Código Penal, los magistrados no están obligados a acatar una orden evidentemente contraria a la ley, lo que a su juicio ocurría en este caso pues solo al dictarse la sentencia definitiva cabría discutir la eventual aplicación de la amnistía. La Corte Suprema lo sancionó disciplinariamente con dos meses de suspensión y rebaja a la mitad de su sueldo.  

El ejercicio por parte de la Corte Suprema de facultades disciplinarias y de control de la carrera judicial en perjuicio de algunos magistrados que adoptaron una actitud decidida en la investigación de las violaciones a los derechos humanos no fue una práctica infrecuente. Así, al año siguiente, el juez del crimen René García Villegas fue sancionado por denunciar públicamente la práctica de torturas por parte de la CNI y en febrero de 1990 fue finalmente exonerado del poder judicial.