Etapa de avances (y contradicciones) en la jurisprudencia nacional
La configuración de este nuevo escenario político y jurídico dio paso a un avance visible en las investigaciones. Las numerosas querellas que se siguieron presentando contra Pinochet fueron acumuladas en una gran causa -el proceso 2182-98, al que se sumaron también otros procesos reactivados- instruída por el ministro de fuero de la Corte de Apelaciones de Santiago Juan Guzmán Tapia, quien practicó numerosas diligencias de investigación, solicitó el desafuero y decretó el procesamiento de Pinochet tras su retorno al país.
Por otra parte, se activaron nuevas políticas públicas de verdad impulsadas por el Gobierno, a través, primero, de la constitución en 1999 de una Mesa de Diálogo para avanzar en la búsqueda de las víctimas de desaparición forzada, que integraron también representantes de las Fuerzas Armadas. Solo parte de la información sobre el destino final de las víctimas que fue entregada por éstas en 2001, como fruto de los acuerdos alcanzados por la Mesa, dio lugar a resultados efectivos, pero ella gatilló la designación por la Corte Suprema, a solicitud del Gobierno, de dos ministros en visita para la investigación de los casos de Fuerte Arteaga y Cuesta Barriga. Se trató del primer paso hacia la configuración de una forma orgánica estable y más eficaz de tramitación de las causas por violaciones de derechos humanos, a través de ministros en visita extraordinaria de Cortes de Apelaciones con dedicación exclusiva, que fue respaldada por una reforma legal (Ley Nº 19.810, de 2002) y ampliada en años sucesivos por la Corte Suprema. Ese esquema institucional se vio complementado el año 2009 con la atribución por ley al Programa de Derechos Humanos, entonces dependiente del Ministerio del Interior, de facultades para ejercer acciones legales y actuar como querellante respecto de los delitos de secuestro o desaparición forzada, homicidio o ejecución sumaria.
Un nuevo impulso para la litigación provino, en esta etapa, de una segunda iniciativa política de verdad y reparación, referida ahora a las violaciones sistemáticas de derechos humanos sufridas por víctimas sobrevivientes, a través de la constitución de la de la Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura, que emitió su informe en 2004, reconociendo a más de 27.000 víctimas. Quienes hasta ese momento habían participado del proceso de justicia como testigos claves en diversas causas, fueron asumiendo luego progresivamente además el rol de querellantes por los delitos personalmente sufridos y de demandantes en causas civiles para la indemnización de los daños.
La litigación a través de abogados querellantes particulares se mantuvo activa no solo respecto de las nuevas causas por torturas, no comprendidas en las competencias del Programa de Derechos Humanos. Muy relevante en este sentido fue la decisión que la Asociación de Familiares de Ejecutados Políticos (AFEP) tomó en 2011 de iniciar acciones por las 1.176 víctimas de ejecución política que según sus registros no tenían hasta ese momento causas judiciales activas. Esta iniciativa dio lugar a que se formara a su alero, así como al del Programa, una nueva generación de jóvenes abogadas y abogados litigantes en estas causas. A ella se sumó, ese mismo año, una iniciativa sin precedentes del propio Poder Judicial a través de la presentación que realizó la fiscal judicial de la Corte de Apelaciones de Santiago, Beatriz Pedrals, de nuevas querellas respecto de 726 personas calificadas como víctimas de desaparición forzada o ejecución política sin procesos judiciales abiertos.
A la vez, a medida que avanzaba la primera década de los dos mil, los procesos iniciados y los reactivados comenzaron a concluir y a ser conocidos en casación por la Corte Suprema. Aunque con oscilaciones y retrocesos iniciales, sus sentencias fueron asentando un conjunto de criterios referidos a la inaplicabilidad del decreto de amnistía y de las reglas ordinarias de prescripción por el transcurso del tiempo en las causas por crímenes de la dictadura. El carácter permanente de los secuestros en los que no se hubiera acreditado ni la liberación ni la muerte de la víctima; la aplicación preminente, tanto en delitos de secuestro como de homicidio, de los Convenios de Ginebra, que impiden al Estado adoptar medidas que determinen su impunidad, en virtud de la declaración oficial del “estado o tiempo de guerra”; y la calidad de delitos de lesa humanidad de los crímenes, fueron los argumentos progresivamente acogidos por los tribunales. El último de ellos tendió a prevalecer después de la primera condena de la Corte Interamericana de Derechos Humanos contra el Estado por violación del derecho a la protección y las garantías judiciales respecto de crímenes de la dictadura, dictada en septiembre de 2006 en el caso Almonacid Arellano contra Chile, sentencia que a partir de ese mismo año comenzó a ser citada por la Corte Suprema.
Paradójicamente, a la vez que se asentaba la no amnistiabilidad y la imprescriptibilidad de esos crímenes, la Sala Penal de la Corte Suprema aplicó reiteradamente entre 2007 y 2012 la atenuante de prescripción gradual de los mismos delitos, por haber transcurrido la mitad o más del plazo de prescripción, lo que significó rebajas considerables en las penas impuestas y en muchos casos la concesión del beneficio de la libertad vigilada. Una segunda contradicción se expresaba en la posición que adoptaron tanto la misma Sala Penal como la Sala Constitucional de la Corte Suprema respecto de las demandas civiles de indemnización que acompañaban a las querellas penales o que se presentaban autónomamente, denegándolas generalmente por prescripción hasta 2014. Frente a estas inconsistencias de la jurisprudencia se volvió a recurrir a la estrategia de la litigación internacional, denunciando la vulneración del derecho a la protección judicial ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos. Se trata de los casos Vega González y otros vs. Chile y Órdenes Guerra y otros vs. Chile, en los que la Corte Interamericana de Derechos Humanos terminó condenando al Estado de Chile.