El testimonio de las y los sobrevivientes detenidos cumplió un papel clave para la reconstrucción del entramado de centros clandestinos de detención y de aparatos represivos de la dictadura, de sus formas de funcionamiento y sus prácticas de tortura y exterminio, así como de las trayectorias de las víctimas desaparecidas y ejecutadas. También lo fue el testimonio de familiares o personas cercanas que presenciaron la detención de sus seres queridos o tuvieron de otras maneras noticia de ella.

Sus relatos recogidos por las organizaciones de derechos humanos y a menudo formalizados como declaraciones juradas, permitieron componer un primer registro del terror. Volvieron a declarar luego ante las comisiones de verdad y su participación como testigos en los procesos penales y civiles fue una prueba fundamental. Aunque al tratarse de procedimientos escritos no tenemos registros sonoros u audiovisuales de sus testimonios, en los expedientes judiciales encontramos actas que los transcriben y sentencias que los mencionan.

También encontramos en los expedientes declaraciones de ex agentes, carabineros y militares, a veces como testigos y otras como acusados, usualmente negando su participación en los hechos. Los testimonios de ex conscriptos que hacían su servicio militar el año del golpe de Estado o los años siguientes también han sido relevantes en diversos procesos.

En algunas ocasiones el silencio de los perpetradores se ha roto y sus confesiones han aportado antecedentes importantes para las investigaciones. El primer caso conocido fue el del ex agente del Servicio de Inteligencia de la Fuerza Aérea Andrés Valenzuela Morales, alias el Papudo, quien desertó en 1984 y realizó extensas declaraciones ante la periodista Mónica Gonzales y en la Vicaría de la Solidaridad. Las informaciones que
aportó en ese momento y luego en varios procesos judiciales ayudaron a esclarecer la estructura y el funcionamiento del Comando Conjunto y lo ocurrido con varias personas detenidas desaparecidas. En otros procesos ha ocurrido que después de años de investigaciones alguno de los imputados ha terminado por revelar la existencia de pactos de encubrimiento y por modificar su versión inicial.

A ello han contribuido los careos y las reconstituciones de escena, diligencias de investigación que han permitido aclarar las contradicciones entre las declaraciones de testigos o acusados o bien integrarlas en un relato más preciso de la dinámica de los hechos, unido al reconocimiento de los lugares en que tuvieron lugar.