A las numerosas causas judiciales por violaciones de derechos humanos en las que Pinochet seguía figurando como imputado, se unió en 2004 un proceso por delitos tributarios y por falsificación de pasaportes y de otros instrumentos públicos. La causa fue iniciada por querella del Consejo de Defensa del Estado cuando, a raíz de una investigación sobre el financiamiento del terrorismo internacional, el Senado de Estados Unidos descubrió que el exdictador chileno mantenía millonarias cuentas secretas en el Riggs Bank de Washington.  

La investigación reveló más de ciento veinticinco cuentas vinculadas a Pinochet, bajo identidades falsas y empresas de fachada creadas en paraísos fiscales, que acumulaban más de veinte millones de dólares sin justificación patrimonial. Tras ser privado nuevamente de su fuero, Pinochet fue sometido a proceso el 23 de noviembre de 2005 y se mantuvo en esa calidad hasta su fallecimiento en diciembre de 2006. Aunque la muerte determinó su sobreseimiento, el proceso continuó contra familiares y colaboradores por más de una década y concluyó en 2018 con condenas por malversación de fondos públicos y con el comiso de fondos y propiedades de la familia del dictador. Aún hoy se mantienen abiertos procesos civiles iniciados por el Consejo de Defensa del Estado contra su familia.