El 9 de septiembre de 1998 la Corte Suprema ordenó la reapertura del sumario por la desaparición de Pedro Poblete Córdova, revocando la decisión de la justicia militar que había sobreseído la causa por considerar que, al haberse acreditado que su detención había ocurrido el 19 de julio de 1974, resultaba aplicable la amnistía dispuesta por el Decreto Ley N.º 2191. Esta sentencia marcó un hito clave en la jurisprudencia de la Corte porque acogió varios argumentos que habían sido sostenidos con insistencia por abogados y abogadas de derechos humanos para limitar la aplicación del decreto ley de amnistía.  

Por una parte, estableció que la amnistía en ningún caso podía aplicarse sin estar agotada la investigación y determinado el autor del delito, pues ésta refiere a personas y no a hechos. Pero fue más allá y sostuvo que al haber declarado la Junta de Gobierno que el estado de sitio debía entenderse como “estado o tiempo de guerra” para efectos de la vigencia de la normativa sobre justicia militar, se volvían aplicables los Convenios de Ginebra que imponen deberes de protección al Estado y le prohíben disponer de medidas que promuevan la impunidad de los funcionarios que los infrinjan, prohibición que se impone a todos los poderes del Estado en virtud del valor que la Constitución, reformada en 1989, atribuye a dichos tratados. Por último, advirtió también que con la detención de la víctima solo se inicia la comisión del delito, de modo que como se desconoce su paradero, podría ocurrir que su privación de libertad se hubiera seguido cometiendo más allá del límite temporal del decreto ley de amnistía.