La instalación en marzo de 1990 del gobierno democráticamente electo no tuvo, a pesar de las expectativas que la acompañaron, impactos inmediatos en el proceso de búsqueda de justicia respecto de los crímenes de la dictadura. Aunque el programa de gobierno contemplaba la derogación del decreto ley de amnistía, ésta no se concretó y los esfuerzos del Presidente Aylwin se centraron en la determinación de la verdad y en la promoción de una interpretación de la amnistía que asegurara que las investigaciones fueran agotadas antes de considerar su aplicación. 

El 24 de agosto de 1990, la Corte Suprema de Chile rechazó un recurso de inaplicabilidad por inconstitucionalidad del Decreto Ley de Amnistía, que había sido interpuesto para impedir que se confirmara el sobreseimiento definitivo de la causa penal referida a setenta personas detenidas desaparecidas entre 1974 y 1976, dispuesto por el Segundo Juzgado Militar de Santiago. El recurso argumentaba que el Decreto Ley de Amnistía contravenía una disposición incorporada a la Constitución en 1989, que establece el deber del Estado de respetar los derechos esenciales que emanan de la naturaleza humana, reconocidos ya sea por el mismo texto constitucional o por tratados internacionales ratificados por Chile. La Corte descartó la aplicación de los Convenios de Ginebra por no ser los hechos objeto de la causa el resultado de un conflicto armado interno y consideró que ninguno de los otros tratados internacionales vigentes limitaba la facultad de amnistiar. Los querellantes presentaron un recurso de reposición ante la misma Corte, que confirmó su decisión el 28 de septiembre del mismo año. En esas decisiones la Corte reiteró, además, su doctrina en el sentido de que la amnistía determinaba el sobreseimiento definitivo sin necesidad de que estuviera agotada la investigación.