La Comisión Nacional de Verdad y Reconciliación fue creada por el presidente Patricio Aylwin el 25 de abril de 1990, con la misión de “establecer un cuadro lo más completo posible sobre los graves hechos de violación a los derechos humanos, sus antecedentes y circunstancias; reunir información que permitiera individualizar a las víctimas y estableces su suerte y paradero; recomendar las medidas de reparación o reivindicación que estimara de justicia; y recomendar las medidas legales y administrativas que a su juicio debieran adoptarse para impedir o prevenir la comisión de nuevos atropellos graves a los derechos humanos". La Comisión, presidida por el jurista Raúl Rettig, se abocó a la investigación de las violaciones a los derechos humanos con consecuencia de muerte, ocurridas entre el 11 de septiembre de 1973 y el 11 de marzo de 1990. Después de nueve meses de trabajo su informe final fue entregado al Presidente de la República. El informe documentó el funcionamiento de la represión y sus métodos, las formas de garantizar la impunidad y las responsabilidades institucionales e identificó más de dos mil víctimas de ejecuciones políticas y desapariciones forzadas (un número que se elevará en virtud de los reconocimientos que realicen instancias siguientes de calificación). Los archivos de las organizaciones de la sociedad civil que habían documentado y denunciado judicialmente los hechos durante la dictadura fueron claves para esa reconstrucción pública de verdad. 

El Informe formuló además un duro reproche a la actitud asumida por los tribunales de justicia durante la dictadura y su falta de celo en el cumplimiento de sus deberes de protección, de persecución penal y de control respecto de la justicia militar.  Frente a ello y tras hacerse público el informe, el Pleno de la Corte Suprema adoptó un acuerdo en que descartó cualquier autocrítica y rechazó lo que interpretaba como “un enjuiciamiento de los Tribunales de justicia por una entidad que carece totalmente de la más insignificante facultad para hacerlo”, que les atribuía una especie de “complicidad dolosa dirigida a proteger los excesos contra la libertad e integridad de las personas” y que terminaba “por colocar a los jueces en un plano de responsabilidad casi a la par con los propios autores de los abusos contra los derechos humanos”.